Hubungan Budaya dalam Sejarah Dunia Melayu : Artikel pilihan dari majalah Archipel

Daniel Perret commence ses recherches sur l'Asie du Sud-Est maritime en 1990 dans le cadre d'un doctorat de troisième cycle en histoire et civilisations à l'EHESS Paris, sur les déterminations et stratégies identitaires à Sumatra Nord-Est jusqu'en 1942. Peu après l'obtention de son diplôme début 1994, il est engagé à l'EFEO comme responsable de l'antenne de Kuala Lumpur en Malaisie. Il occupera cette fonction jusqu'en décembre 1999, puis de nouveau à partir de septembre 2007. Entre temps, il est responsable du centre de Jakarta de janvier 2000 à décembre 2002 et de septembre 2005 à août 2006.

Son principal domaine de recherche est l'histoire des sites d'habitat anciens de l'Asie du Sud-Est maritime et, plus généralement, l'histoire de Sumatra et de la Malaisie jusqu'à la fin du XIXe siècle. Il conduit des fouilles dans le cadre de programmes multidisciplinaires et utilise des sources écrites (littérature malaise, sources étrangères), qui permettent d'apporter de nouveaux éclairages sur des entités politiques de natures diverses. Il s'intéresse également à l'histoire des communautés originaires d'Asie du Sud qui ont fréquenté l'Asie du Sud-Est.

Daniel Perret débute ses travaux sur les sites d'habitat anciens au début des années 1990 en participant aux fouilles franco-indonésiennes du site de Banten Girang (Java Ouest) daté Xe-XVIe siècle,puis conduit des prospections sur les sites fortifiés de péninsule malaise avec le Département des Musées de Malaisie en 1994 et 1995. De 1995 à 2000, il participe à la mission archéologique franco-indonésienne de Lobu Tua (IXe-XIe siècle), dans la région de Barus, sur la côte ouest de Sumatra Nord. De 1997 à 2001, il co-dirige la mission archéologique franco-thaïe (Fine Arts Department et Université Prince of Songkla de Pattani) de Pattani, sur la côte sud-est de la péninsule thaïe. De 2001 à 2005, il co-dirige la mission archéologique franco-indonésienne (Centre National des Recherches Archéologiques d'Indonésie) de Bukit Hasang (XIIe-déb. XVIe siècle), dans la région de Barus. De 2006 à 2010, il co-dirige la mission archéologique franco-indonésienne (Centre National des Recherches Archéologiques d'Indonésie) de Si Pamutung (IXe-fin XIIIe siècle), dans la région de Padang Lawas, à Sumatra Nord. Depuis 2011, il co-dirigela mission archéologique franco-indonésienne (Heddy Surachman -Centre National des Recherches Archéologiques d'Indonésie) à Kota Cina (XIe-XIVe siècle), sur le détroit de Malacca, près de Medan, Sumatra Nord. Par ailleurs, depuis 2008 il étudie, en coopération avec le Département des Musées de Malaisie, une collection de verre provenant du site de Pengkalan Bujang (Kedah) et datée probablement des XIIe-XIIIe siècles.

Depuis 1996, Daniel Perret conduit également des recherches sur l'art funéraire musulman d'Asie du Sud-Est maritime, en particulier sur les stèles de type batu Aceh. Jusqu'en 2002, il a effectué de nombreuses prospections dans tous les Etats de la péninsule malaise en coopération avec La Fondation pour le Patrimoine de l'Etat de Johor. Ces prospections ont permis de recenser près de 500 monuments datés principalement entre le XVe et le XVIIe siècles. Il a étudié les batu Aceh de la région de Pattani, ainsi que 300 monuments funéraires de la région de Barus, qui permettent de suivre l'évolution de l'art funéraire musulman dans la région entre le milieu du XIVe et le début du XXe siècle. Il a également effectué des prospections sur des cimetières anciens du territoire d'Aceh.
 
En Indonésie, avec plusieurs collègues épigraphistes et Arlo Griffiths, Daniel Perret coordonne depuis 2002 un inventaire des inscriptions "classiques" de l'Asie du Sud-Est maritime. Dans ce domaine, en novembre 2011, il a, avec l'Association des Archéologues de Malaisie, organisé à Kuala Lumpur un atelier consacré à l'épigraphie en Asie du Sud-Est, atelier qui constitue l'étape initiale d'un état des lieux du domaine qui fera l'objet d'une publication prévue pour 2014.

Depuis 2010, Daniel Perret est éditeur-en-chef d'Archipel, revue interdisciplinaire biannuelle sur le monde insulindien.